骨骼的最主要功能，为支撑保持体形。因此海洋生物的骨骼不及陆地动物，是因为海洋提供了浮力支撑。动物进化而迁往陆地，就开始形成坚固的骨骼结构。另一方面，骨骼也提供肌肉连接面，透过关节，协助肌肉产生运动。骨骼也为内部软组织结构提供保护。外骨骼包裹整个身体，容纳所有器官，保护度较高，但行动不便，也限制了生物的大小，因此只见于较低等生物。而较高等的生物则具有内骨骼，虽然保护性不及外骨骼，但也能保护一些重要器官，如：大脑、脊髓和心脏，行动方便快速，并且体形较大。一些内骨骼更有在红骨髓内产生血液细胞的能力。